Le Secrétariat fait partie du ministère du Conseil exécutif du Québec. Il relève du ministre responsable des Affaires autochtones.
Il incombe au Secrétariat d’établir des relations harmonieuses et des partenariats entre les Autochtones et le gouvernement ainsi qu’entre les Autochtones et la population en général. Cela s’exprime notamment par la négociation d’ententes, la diffusion d’information appropriée et un appui au développement social, économique et culturel des Premières Nations et des Inuits.
Le Secrétariat doit aussi coordonner toute l’action gouvernementale en milieu autochtone. Il a pour responsabilité d’assurer la cohérence dans les politiques, les interventions, les initiatives et les positions des divers ministères et organismes du Québec engagés dans cette action. À cette fin, il est en étroite collaboration avec les coordonnatrices et coordonnateurs ministériels en milieu autochtone, qu’il rencontre sur une base régulière. Créée en 1978, en même temps que le Secrétariat, l’assemblée des coordonnatrices et coordonnateurs ministériels constitue une table d’échange d’information et de concertation de l’action gouvernementale.
Le Secrétariat intervient principalement auprès des représentantes et représentants des communautés, des nations et des diverses organisations autochtones. Lorsque requis, il agit aussi auprès de la population en général par l’entremise du monde municipal ainsi que des associations fauniques, forestières et autres pour recueillir les points de vue et fournir l’information appropriée.
Le Secrétariat constitue la principale porte d’entrée des Autochtones à l’État québécois.